Q&A

circRNA芯片用于高通量检测研究Q&A

Q1: 我们为什么要关注 circular RNA?
A:环状 RNA(Circular RNA,circRNA)是一类具有闭合环状结构的特殊非编码 RNA。具有闭合环状结构,半衰期长;具有组织表达特异性;大多存在于细胞质中,且序列高度保守等特点。已有研究发现,circRNA 在转录层次具有 miRNA 吸附海绵-ceRNA;调控母基因转录等生物学功能,为非编码 RNA 的研究开拓了一个新的领域。

Q2:circular RNA 研究有哪些方向?
A:circRNA 研究可分为 biomarker 研究和分子机制研究两个不同的方向。由于 circRNA 稳定表达、不易降解 、具有组织特异性、疾病特异性等特点,且血液中已经发现丰富的表达, 使得 circRNA 成为理想的 Biomarker。已有研究发现,circRNA 可具有 miRNA 海绵吸附作用调控下游靶基因表达;调控母基因转录等生物学功能,其基本研究的思路在很大程度上与 lncRNA 类似。

Q3:circular RNA 检测有哪些手段,各有什么优势?
A:全基因组高通量 circRNA 检测可以通过 microarray 和 NGS 两种不同的手段进行鉴定和差异筛选。其中,芯片检测系统能更可靠地检测环状 RNA 表达丰度,二代测序系统能更快地发现新的环状 RNA。

Q4:circular RNA 测序检测实验基本流程是什么?
运用高通量测序系统检测 circRNA,首先提取总 RNA,然后用 RNase R 消化掉线性 RNA 分子,再将 circRNA 打断和建库,最后进行上机边合成边测序实验。

Q5:circular RNA 芯片检测探针设计特异性怎么样?
A:Circular 芯片(SBC human ceRNA V1.0)能同时在一张芯片上检测 circRNA,lncRNA 和 mRNA。因此,在探针设计时,为了特异性的将 circRNA 和线性分子区分开来,特异性地设计了完全覆盖环状 RNA 反向剪接位点的探针,并与线性分子检测探针进行区分, 探针长度为 60 nt。


Q6. SBC human circular RNA V1.0 能检测多少条 circular RNA?
A:根据 circRNA 权威数据库 circBase 的收录信息,本芯片能检测人全基因组 88371 个 circRNA。

Q7. Circular RNA 后期 qRT-PCR 验证需要注意什么?
常规的线性 mRNA 在 qRT-PCR 验证是采用前后设计探针的方式,而 circular RNA 验证时则采用和线性 mRNA 分子引物方向相反的方式 (Divergent PCR)。这样,通过正向引物不能检测到,而反向引物能检测到,以证明 circRNA 确实是存在和差异表达。

lncRNA芯片用于高通量检测研究Q&A

Q1: 我们为什么要关注 long non-coding RNAs(lncRNAs)?
A:long non-coding RNAs 指碱基长度大于 200nt,由 DNA 链转录而来,但是却不能翻译蛋白,在生物体内发挥重要生物学功能的一类非编码 RNA。研究表明,lncRNAs 可以影响编码基因的转录和转录后调控,可以调节蛋白活性,影响蛋白遗传修饰,作为小分子 RNA(如 miRNA、piRNA)的前体分子等。研究表明,生物体内 lncRNAs 数量远超过 mRNA,哺乳动物基因组序列中 4%~9% 的序列产生的转录本是 lncRNA(相应的蛋白编码 RNA 的比例是 1%-5%)。但目前已知功能的 lncRNAs 却很少,还不到 1000 条。lncRNA 已经成为非编码 RNA 研究领域的一个热点。

Q2:lncRNA 有哪些不同分类?
根据 lncRNA 在基因组上的不同来源,可以把 lncRNA 分为 5 类:
1)Sense- overlapping:与 mRNA 外显子有重叠区,转录方向一致;2)Antisense-overlapping:与 mRNA 外显子有重叠区,转录方向相反;3)Bidirectional:与 mRNA 转录方向相反,转录起始位置距离在 1kb 内;4)Intronic:lncRNA 完全落编码蛋白基因的内含子中;5)lncRNA 位于编码蛋白基因的基因间区。
 
Q3:lncRNAs 研究有哪些方向?
A:lncRNA 研究可分为 biomarker 研究和分子机制研究两个不同的方向。
由于 lncRNAs 具有组织特异性,在疾病状态下表达的特殊性,以及相关研究报道已表明 lncRNA 在疾病组织和血液中特异性表达,因此,lncRNAs 是一类潜在的理想 Biomarker。
lncRNA 可以与蛋白复合体结合,调控基因转录;可以影响 mRNA 的稳定性和翻译过程;可以作为 miRNA 的」sponge」;可以作为 miRNA 的前体分子等等生物学功能。从 lncRNA 的分子作用机制入手,是目前 lncRNA 研究的热点。

Q4:lncRNAs 高通量筛选有哪些手段,各有什么优势?
A:全基因组高通量 lncRNA 检测可以通过 microarray 和 NGS 两种不同的手段进行鉴定和差异筛选。其中,芯片检测系统能更可靠地检测 lncRNA 表达丰度,检测灵敏度高,适合多样本比较,速度快,成本低。
NGS 二代测序能系统发现已知 lncRNA 和新的 lncRNA,并进行差异筛选。通过测序系统检测 lncRNAs,需要进行链特异性建库,测序数据量也比较高(以人为例,一般应大于 10 G)。

Q5: 怎么去理解某一个 lncRNA 的生物学功能?
A:目前已知功能的 lncRNA 很少,根据 lncRNA 调控 mRNA 的特点,可进行靶基因预测,通过靶基因间接推测 lncRNA 的功能。
lncRNA 的靶基因预测分为 cis 预测与 trans 预测。Cis 预测的原理是找出 lncRNA 所处染色体位置上下游 10 kb 范围内的蛋白编码基因。Trans 预测先采用 blast 选出序列上与 lncRNA 相似或互补 mRNA 序列,再利用 RNAplex 计算两序列之间的互补能量,筛选出可能稳定结合的 mRNA。

Q6:目前有哪些常用的 lncRNA 数据库?
A:目前能找到相关 lncRNA 信息的数据库很多,NCBI,UCSC,Ensembl 有 lncRNA 的数据信息和基本注释;lncrnadb, lncpedia,NONCODE,The lncRNA and disease database 是专门用来收入 lncRNA 信息的数据库,这些数据库不光提供基本注释,有些数据库还能找到二级结构,miRNA 结合位点,已报道的疾病相关 lncRNA 等信息。

Q7:SBC lncRNA 芯片能检测什么物种,各能检测多少 lncRNAs?
A:上海伯豪针对大家 lncRNA 研究的需求,开发了 lncRNA 芯片产品,检测物种包括:人,大鼠,小鼠。芯片技术特点:
1)目前市面上探针密度最高的 lncRNA 芯片产品;
2)芯片采用 Agilent eArray 平台设计,使用 Agilent SurePrint 技术合成,技术重复性高于 99%;
3)覆盖主流数据库所有 lncRNA,可同时检测 lncRNA 和 mRNA,并挖掘两者之间的关联;
4)检出率高:随机引物扩增方式,可同时扩增带 Ploy-A 和不带 Poly-A 的 lncRNA,确保更多的 lncRNA 被检测出来;
5)提供完整 lncRNA 芯片数据分析解决方案。
芯片信息汇总:
 

Q8: 一张 lncRNA 芯片多少钱?要是用二代测序,一个样本需要多少?
A:如果您有 lncRNA 芯片检测或者测序检测需求,欢迎咨询 800-820-5086、400-880-5086,我们会根据您的区域位置,由相应的业务员会与您面对面交流。